清代二级行政区治所城郭简图（二十七）伊犁
清军平定准噶尔和大小和卓以后，为巩固在当地的统治，于乾隆二十七年设立伊犁将军，伊犁将军总管天山南路、北路和东路的军政大权，是清代八旗驻防体制中设立最晚、领兵最多、职权最重的驻防将军。上述三个区域在清中期时的行政管理制度、社会风俗和城池建设等方面均有较大差异。
天山北路在汉代已出现大量城市，至明初仍颇为繁荣，并拥有像阿力麻里和别失八里这样的大型城市。但明中期以后由于战乱和农牧分治的影响，至准噶尔统治时期，境内主要为卫拉特人的游牧地，存留的城市寥寥无几。
清朝平定准噶尔部和大小和卓叛乱之后，清高宗对天山南北的治理采取了因地制宜的手段。由于天山北路草场茂盛，土肥地沃，适宜耕牧。于是清高宗亲自规划，自乾隆二十四年起在天山北路实行了大规模屯田筑城，建设了大量形制齐整的中原式城垣，并赋予颇有绥靖色彩的城名，如迪化、惠远、巩宁、孚远、靖宁、恺安、庆绥、肇丰等等，同时从内地调来满、汉、回、锡伯等族平民和士兵前来驻扎，屯城、卡伦、台站星罗棋布，乾隆末期，天山北路的驻军数量占全疆的89%，依附于驻军的眷属、商人和农民逐渐聚居于驻防城内外，至道光年间，天山北路已经非常繁荣。
天山南路为维吾尔人聚居区，依靠河谷绿洲以农业为生，不少城市历代沿用，至清时犹存，形制多受波斯文化影响，是即旧城/回城。清廷控制天山南路以后，实行伯克制，任用当地人出任阿奇木伯克(即“城主”)，驻扎于旧城之中。阿奇木伯克为半世袭流官，管理权限高于内地知府、知县而低于土司和札萨克郡王，受当地参赞大臣/领队大臣的管辖。在旧城之外，往往筑造有新的中原式城池(多称汉城或驻防城)，参赞大臣、领队大臣即驻其中，直辖满汉居民、驻军，管理阿奇木伯克。
而临近汉地的东部地区纳入版图较早，情况也更为复杂。自巴里坤至乌鲁木齐一线，广泛设立了府州县厅之建置，皆隶属于甘肃省。但因其距内地太远，管理不便，故在民政上同时受到伊犁将军兼辖。本地土著的管理则分为伯克制和札萨克旗制。伯克制一如南疆，札萨克郡王则拥有自己的领地和属民。如此混乱的四轨制体系直到同治年间被战乱一扫而空，光绪初年新疆建省之后才得以理顺。
显然，伊犁将军虽然在理论上拥有辖境内军事和行政的最高权力，但辽阔的疆土和迥异的社会风俗、管理体制使其实际职权远不能涵盖其应辖事务。在实务中，天山南路的喀什噶尔参赞大臣和东路的乌鲁木齐都统都有效的分担了伊犁将军的职责，伊犁将军更注重伊犁河谷、塔尔巴哈台等地的详细事务。
新疆城市大多在同治年间的战乱中遭到重创，至清末基本未能恢复至原来的水平。光绪九年新疆设省之后，个别城市如喀什噶尔、迪化等恢复很快，超过战前水平，沿至今天便分别成为南北疆最重要的城市。
*伊犁将军辖区内的行政区划层级较多，管理复杂。北路诸参赞大臣、领队大臣直隶于将军；东路诸办事大臣、领队大臣受乌鲁木齐都统节制；南路则受喀什噶尔参赞大臣节制。本文尽列所有驻劄大臣驻地城市，并绘其城垣图，建置时期亦以驻劄大臣设置时期为准。
图例：
青色线为城墙(含内部被建成区基本填满的土圩)绿色线为存在连续遗迹的废弃城墙或外郭/护城堤(其内没有或只有极少的建成区)粉色线为低等级环围工事(木砦、环壕、寺庙/园林围墙等)黄色线为无连续防御工事的建成区(仅在部分特殊城市中标识)详图中红色点为陆门，蓝色点为水关其余编例，简图及战例汇总，错漏更正记录参见：
1.惠远
建置：乾隆二十七年至光绪十年。
伊犁将军驻地，位于今霍城县惠远镇老城村南伊犁河畔(43.937°N, 80.923°E)，面积2.3平方公里，与周边八座驻防城池合称伊犁九城。
伊犁河谷长期为察合台汗国的统治中心，汗廷南迁后，其地为卫拉特部所据。清平准噶尔后，着手在伊犁河谷屯田驻兵。乾隆二十五年，新任办事大臣阿桂上奏请于伊犁河南北的固勒扎、海努克、察汗乌苏、乌哈尔里克等处筑城屯守。乾隆二十六年始筑塔勒奇城，二十七年筑绥定城和宁远城，用以安置绿营及回兵。二十九年修筑惠远城，用以安置凉庄、热河等处新调至此的满洲八旗，三十年修筑惠宁城，安置新调的西安满洲八旗。四十五年修筑拱宸、广仁、瞻德、熙春四城以安置日益增长的绿营兵及其眷属。伊犁九城自此成形。
惠远城位于伊犁河北岸，乾隆二十九年始建，次年建成，是为旧城，面积1.8平方公里。城池建成以后，城内陆续进驻伊犁将军、参赞大臣各一员，锡伯、索伦、察哈尔、厄鲁特领队大臣及管理回务领队大臣各一员，均有自己的衙署，他们共同组成了惠远城建置。同时，城内驻兵及商贩数量也在迅速增长，“满、汉、索伦、锡伯、察哈尔、额鲁特、回子兵众环绕，分布于城垣之外者，亦风云虵鸟之奇。”于是乾隆五十八年将城墙向东扩建484米以安置新增兵民。扩建后，又设立制造军器局、校场等机构，城内总兵房数达到10700间。
同治三年库车民变，维吾尔人迈孜木杂特起兵攻占伊犁九城，建立塔兰奇苏丹国，十年五月被俄罗斯攻灭，惠远城亦遭俄军占领并破坏。
光绪八年于今霍城县惠远镇(43.992°N, 80.906°E)另筑新城，新城面积：主城1.7平方公里，四个驻兵小城合计0.25平方公里。
旧城从同治年间战乱时期就开始逐渐被伊犁河侵蚀，至60年代已有超过二分之一没入水中，但当时未被侵蚀的部分仍存有大量遗弃的建筑基址，其后城内悉辟为农田，东墙外护壕则被辟为鱼塘。今于卫星图上仅能看到北、东部分城墙，建筑基址已无存，为保护剩余部分不被河水吞噬，近年来在沿河以外加筑了防水堤坝。
新城至今四面城墙夯土以及城内的街道布局仍完整留存。
2.库尔喀喇乌苏
建置：乾隆二十七年至光绪十年。
库尔喀喇乌苏办事大臣驻地，位于今乌苏市驻地(44.435°N, 84.675°E)，面积0.25平方公里，办事大臣管辖二城，附牧土尔扈特部二盟三旗。
清乾隆二十六年，清廷派官兵292人进驻至今乌苏市八十四户乡五道桥村建立营地，同年筑城，名“遂城堡”，二十七年设参赞大臣，三十七年改领队大臣。四十八年重修，光绪三十四年墙倒堡毁，遗址被称为“旧城子”，残墙于1958年推平，改为农田。
乾隆二十七年置乌苏办事大臣，二十八年于今址筑庆绥城。同治年间战乱被毁，光绪四年收复后修整城垣。光绪十年置库尔喀喇乌苏直隶厅。
3.塔尔巴哈台
建置：乾隆二十九年至宣统三年。
塔尔巴哈台参赞大臣驻地，旧城位于今塔城市驻地和平街道(46.745°N, 82.979°E)，面积0.19平方公里。新城位于新城街道(46.743°N, 82.996°E)，面积0.48平方公里。参赞大臣管辖一城，附牧土尔扈特部一盟三旗。
元至元十九年于塔儿八合设置驿站，清称关外驿站为“台”，故名“塔尔巴哈台”。乾隆二十九年建城于伯雅尔(今哈萨克斯坦东哈萨克斯坦州乌尔扎尔县驻地乌尔扎尔镇北)，名肇丰城，置参赞大臣。三十一年以其地严寒，军民不堪其苦，遂迁建于楚呼楚地方，命曰绥靖城。同治三年新疆大乱，塔城不断遭到伊犁塔兰奇维吾尔人的进攻，最后被俄属哈萨克人占领，清军退往科布多，城池亦毁于战乱。收复后，光绪十四年七月置塔尔巴哈台直隶厅，裁参赞大臣，移伊犁副都统驻此。十五年至十七年于旧址东南一里处重建新城，仍旧名，目前存两段城墙遗存约一公里。
4.乌噜木齐
建置：乾隆二十四年至光绪八年。
甘肃省兼辖，乌鲁木齐都统、领队大臣驻地，位于今乌鲁木齐市沙依巴克区(旧巩宁)(43.793°N, 87.618°E)、天山区(迪化、新巩宁)(43.812°N, 87.568°E)。面积：旧巩宁城1.7平方公里，新巩宁城0.26平方公里，迪化城0.42平方公里，光绪十二年合并巩宁新城、迪化城后合计面积1.5平方公里，另有南关0.74平方公里。下辖七城。
清乾隆二十三年于今迪化城南门外筑土城堡，面积约0.04平方公里。二十八年于今址筑老迪化城，三十八年设迪化直隶州，并于老迪化城西北八公里处(今乌鲁木齐河西岸新疆农业大学一带)建巩宁城，是为老满城。
同治年间战乱，洪福汗国阿古柏、清真王妥得璘、汉人民团徐学功在乌噜木齐长期混战，巩宁城被毁，迪化城遭重创。光绪二年六月刘锦棠收复乌噜木齐后将巩宁城改作八旗义冢，迪化城继续沿用。
战后北疆城市大多恢复缓慢，独迪化城发展迅速。光绪六年在今建国路一带重建巩宁城，是为新满城。十年新疆建省，迪化成为省会，十一年改迪化直隶州为迪化府，十二年重修迪化、巩宁两城，并合为一，后建成区又突破城门向南延伸，至清末城区人口达到23097人。1953年起逐步拆除城墙。目前存老巩宁城西墙、南墙两段各约860米。
5.古城
建置：乾隆三十九年至光绪十年。
古城领队大臣驻地，位于今奇台县驻地(44.022°N, 89.580°E)。面积：老满城0.39平方公里，新满城0.31平方公里，光绪二十一年合并满汉三城后面积1.9平方公里，加上民国扩建的部分达2.9平方公里。领队大臣管辖三城。
清平准噶尔后于乾隆二十四年在今老奇台镇(43.809°N, 89.893°E)筑奇台堡，为天山北路的一个台站。三十八年置奇台县，隶镇西府。四十一年扩建并定名“靖宁城”，扩建后面积达到0.17平方公里。同治三年兵毁。
奇台堡建立后，其东北35公里外的唐朝墩古城(唐蒲类县城址，建置于贞观十四年)附近逐步形成一个贸易集镇，因近唐城遗址，故名“古城”，是为今址。乾隆四十年于此地驻兵，筑靖远城，俗称“老满城”，四十三年置领队大臣。
同治三年十一月古城回、维万余人响应库车热西丁起义，十二月进攻满城。城内驻兵大部溃散，科布多等处援军迟延不进，唯领队大臣保恒，惠庆等率老弱六百余人固守。四年正月民军攻陷汉城，四月攻破满城，惠庆以下七千余人殉难，城池毁于战火。此后至同治十一年，古城反复易手。战后于光绪十二年在旧城东北筑新满城，称“孚远城”。十五年，奇台县治由靖宁城迁移至此，此后奇台人口逐渐繁盛。二十一年，靖远、孚远两城扩修后相连。二十世纪三十年代末，从抵御战乱，政府动员百姓，又于西北部筑一道城墙，将果果滩一带圈入城内。
目前老奇台的靖宁城仍存城墙1040米，奇台县的老满城存西墙约600米，汉城存残墙两段各十余米。
6.吐鲁番
建置：乾隆四十四年至光绪十年。
吐鲁番领队大臣驻地，位于今吐鲁番市高昌区(广安城42.941°N, 89.182410°E，回城42.946°N, 89.153°E)。面积：广安城0.33平方公里，回城0.44平方公里，辖三城。
汉为姑师地，初元元年置戊已校尉，驻地在今高昌区三堡乡高昌故城遗址(42.852°N, 89.528°E)，此城历代加筑，元至元十二年毁于战乱。
唐代在吐鲁番地区设安西都护府，驻地在高昌区亚尔乡交河故城遗址(42.953°N, 89.062°E)，此城为车师国时始建，唐代达到鼎盛，元末毁于战乱。
清雍正九年，清军进军吐鲁番，吐鲁番首领额敏和卓请求内附，随后协助清军作战。额敏和卓被封为扎萨克辅国公，吐鲁番建立扎萨克制。后清廷加封额敏和卓为郡王，成为回部王公之一，地位仅次于哈密回王。
除扎萨克制外，清廷亦在吐鲁番并行伯克制，于乾隆二十六年在原莽噶里克部众及新迁吐鲁番盆地的甘肃威鲁堡回众中设置数额不等的四、五、六品伯克，受辟展办事大臣管辖。至嘉庆初年，上述伯克及回众已均改由札萨克旗管辖。
乾隆四十四年于今址筑广安城(满城)，改辟展办事大臣为吐鲁番领队大臣并移驻于此城。同治三年库车民变，热西丁派遣依斯哈克率军进攻吐鲁番，八个月未能破城，损失惨重，最后守城清军弹尽粮绝，退守巴里坤，吐鲁番遂为依斯哈克所占。其后吐鲁番又被清真王妥得璘占领。九年六月，阿古柏军与汉人民团徐学功合攻吐鲁番，围城九个月后回军投降，城区遭到严重破坏。阿古柏统治时期于1871年在广安城西修筑新城。
光绪三年三月清军夺回吐鲁番，以广安城为汉城，新城为回城。十年新疆建省，设吐鲁番直隶厅，并重建广安城。
7.哈密
建置：乾隆二十九年至光绪九年。
哈密办事大臣驻地，位于今哈密市伊州区(回城42.808°N, 93.493°E，汉城42.812°N, 93.509°E)。面积：回城0.41平方公里，新城0.87平方公里，办事大臣管辖二城。
回城在明永乐年间为哈密王宫。清康熙三十五年，清军进剿噶尔丹，哈密首领额贝都拉率众归附清廷。清廷封额贝都拉为哈密回王，实行扎萨克制，世袭罔替，日后成为了新疆回部各王公之首。康熙五十六年重建回城，同治年间毁于战乱，后再次重建。末代哈密回王死后一年，回城及城内王府被驻军焚毁。目前存七处残墙共约五十米。
雍正五年于回城东北另建汉城。乾隆二十五年增筑城北，称兵城，原南城为粮城。后又陆续增建东西二关。二十九年设哈密办事大臣。同治四年，哈密维吾尔、回民暴动，攻破城池，焚烧衙所，杀钦差办事大臣札克当阿、通判陈宜禾、副将王德普及清军1000余人。战乱致使老城城垣倒塌，百姓离散，田园荒芜。同治十三年，张曜率嵩武军出关，将此城稍加整修，光绪九年重建，称老城。目前存南城墙约245米。
同治七年于老城西北1公里筑兵城，称新城，周仅1里，今已无存。
8.巴里坤
建置：乾隆三十六年至光绪十年。
甘肃省兼辖(参见 甘肃 9.镇西府)。巴里坤领队大臣驻地，位于今巴里坤哈萨克自治县驻地巴里坤镇(汉城43.598°N, 93.010°E；满城43.599°N, 93.032°E)，面积：汉城1.3+满城0.68+东、西破城子0.12=2.1平方公里。领队大臣管辖一城。
清雍正七年，为反击准噶尔袭扰吐鲁番、哈密，清廷以岳钟琪为宁远将军，进驻巴里坤，筑绿营兵城，是为汉城，同时在城东、城西修建一座小型兵城(即今东、西破城子)。乾隆三十七年修筑满城(会宁城)。巴里坤城长期作为清军进取新疆的桥头堡，拥有规模庞大的驻兵和屯田，且其地关联汉、回、蒙三地，商贸市肆也迅速发展起来。至道光年间，巴里坤城达到极盛，城内驻防官兵及家眷合计三万余人，建成区将两城全部填满。同治年间新疆大乱，各地溃兵集结于巴里坤，城池遭库车依斯哈克和内地回军进攻，始终未能失守，巴里坤成为新疆唯一未遭战乱的城市。然而自此之后，驻军大量裁撤或向古城转移，巴里坤由盛转衰，居民大量外迁，建成区迅速减少，至宣统元年，驻防官兵仅剩570人。直到今天，城区面积才勉强超过清代满汉两城，也正因如此，目前两城都有不少城墙遗存。
9.喀喇沙尔
建置：乾隆二十四年至光绪八年。
喀喇沙尔办事大臣驻地，位于今焉耆回族自治县驻地焉耆镇(42.063°N, 86.567°E)。面积：老城0.20+新城0.98=1.2平方公里。办事大臣管辖喀喇沙尔城，另有阿奇木伯克管理的两座城庄，附牧土尔扈特部、和硕特部二盟七旗。
原有旧城二，至清时皆圮。乾隆二十四年移建新城于喀喇沙尔，设喀喇沙尔办事大臣，并实行“屯兵戍边”和“移民实边”方略，招募陕甘回民。此时城池面积狭小，周不到一里。道光年间，因部分屯田兵丁撤回内地，遂招西宁、临夏、固原、平凉回民及眷属近百户屯田经贸，后有退伍兵丁留下务农、放牧、经商、营工，世代相传繁衍，渐成土著。八年，设城名为协顺城。二十九年扩建。
同治年间先后被热西丁、阿古柏攻占，光绪三年八月刘锦棠率清军逼近，守将白彦虎将喀喇沙尔抢掠一空后掘堤淹城，城内房屋尽毁。九月清军收复喀喇沙尔。光绪八年设喀喇沙尔直隶厅，二十四年升为焉耆府。
民国三十四年三区革命后，焉耆国军守将蒋汉城为加强防御，于旧城以南修筑新城，将旧南墙至开都河边的城区纳入圈围范围内。
10.库车
建置：乾隆二十四年至光绪十年。
库车办事大臣驻地。位于今库车市驻地(41.720°N, 82.921°E)。面积：王府城0.17+外城0.32=0.49平方公里。办事大臣管辖库车城，境内有阿奇木伯克驻理的城庄两座。
汉时为龟兹(与库车为同源词)，清乾隆二十三年追讨小和卓霍集占至库车城，清军屡攻不下，后霍集占出西门突围，清军方占据库车，并设库车办事大臣。五十八年重修库车城郭。道光八年定名“巩平城”，未普及。
同治三年四月，库车发生民变，叛众拥立热西丁为汗，此事成为同治年间新疆战乱的导火索，此后库车城在战乱中遭到严重破坏。
清军收复库车后于光绪十年设库车直隶厅，二十八年改直隶州。清末城内人口达到五千余人。民国初战乱毁王府城内建筑，但城垣留存至今。外城在城市扩张中逐步拆除，目前存残墙约100米。
11.阿克苏
建置：乾隆四十三年至光绪八年。
阿克苏办事大臣驻地。位于今温宿县驻地温宿镇(镇城41.277°N, 80.235°E，回城41.273°N, 80.244°E)。面积(道光二十年)：镇城0.19平方公里，回城0.31平方公里。境内有阿奇木伯克驻理城庄四座。
原有回城，察合台汗国时期为两座临河城堡，1503年，阿巴癿乞儿占领阿克苏后，毁弃城区并将居民掳往喀什噶尔，1522年重建城堡，为三连城。沙赫汗在位时期曾攻打阿克苏并屠城。
清乾隆间平定天山南路，三十一年于回城以西筑镇城。镇城规模很小，周围不足一里，居民区溢出城外，与城墙相连，导致张格尔之乱时险被攻破。清军解围后，主将长清认为城郭褊小，于是在道光十九年扩建镇城达到今日规模。
同治三年库车热西丁发兵进攻阿克苏，阿克苏失陷，办事大臣福珠哩等官兵引爆火药殉难。六年，阿古柏攻占阿克苏，并于城北筑城，当地人称之为阿古柏城，此城面积0.055平方公里。
光绪八年，置阿克苏分巡兵备道和温宿直隶州，十年在今阿克苏市驻地筑普安城并徙州治于此(见 新疆5. 温宿府)。旧城在光绪二十八年成为温宿县治并延续至今。
老回城、镇城城墙在清末已经“仅存基址”，至今唯遗残墙一段约33米；阿古柏城仍有残墙80多米。
12.乌什
建置：乾隆三十年至光绪八年。
乌什办事大臣驻地。位于今乌什县驻地(41.214°N, 79.221°E)。面积0.16平方公里。辖阿奇木伯克驻理城庄一。
原有回城，为石城、土城相联，石城依乌赤山而建，面积0.019平方公里，土城位于石城东门外山下，面积0.020平方公里。
清乾隆二十四年于此地设乌什办事大臣，三十年乌什民变，两城毁于战乱。三十一年于旧城以东建永宁城，五十一年因地震毁坏，后修复。道光间对增修城墙，改永宁城为孚化城。
同治三年夏，库车民变，农民军攻破孚化城，城破后守城清军点燃火药库四万余斤炸药殉难。光绪三年收复后，九年设乌什直隶厅，十一年重修孚化城。目前存一段南北向墙体约150米。
13.喀什噶尔
建置：乾隆二十四年至光绪十年。
喀什噶尔参赞大臣驻地。位于今喀什市驻地吾斯塘博依街道(39.472°N, 75.988°E)。面积：徕宁城0.11平方公里，回城1.2平方公里。境内有阿奇木伯克驻守城庄九座。
原有土城，位于回城东南的克孜勒河北岸(今喀什市东南郊艾斯克萨村北)，名“艾斯克萨”(即维语“古城”)，可能是汉代乌即城或疏勒城，明中期时为察合台汗国南疆权臣阿巴癿乞儿所毁，居民迁徙至叶尔羌，至今仍有一段长十余米、高约三米的残垣遗存。
1514年阿巴癿乞儿为抵御赛义德汗的进攻，于土曼河南岸台地重建一座城堡，是为回城。回城面积较小，只有0.47平方公里，17世纪中期阿不都拉汗又于城中兴建王宫，居民区内街巷狭窄，房屋稠密。
清初卫拉特准噶尔部攻灭察合台(叶尔羌)汗国，占领喀什噶尔，清平准噶尔后释放大和卓波罗尼都，并以之为向导攻取南疆六城，大和卓驻居喀什噶尔。
乾隆二十三年大小和卓叛乱，二十四年被兆惠、富德击败，六月大和卓焚毁回城，胁迫城内剩余平民西逃，清军占领城池。二十七年因回城“错乱无章，难以扎营”，遂于其西北大和卓私人园林处修筑徕宁城，为官府和驻军所在，三十一年增修。回城则继续沿用，为繁华的商贸区和维吾尔平民居住区。
道光六年七月，波罗尼都之孙张格尔联合浩罕军队进攻喀什噶尔，攻破回城，70余日后攻破徕宁城，后将城池夷平。七年三月，伊犁将军长龄率三万余清军收复喀什噶尔，八年在回城东南十公里外兴建恢武城，置疏勒直隶州(见 新疆 3.疏勒府)。十八年阿奇木伯克祖赫尔丁向西扩建回城达到今日规模。道光二十七年七和卓之乱时，回城被卡塔条勒攻破，咸丰七年又被倭里罕攻破。
浩罕国军阀阿古柏攻占南疆后，喀什噶尔长期为阿古柏驻居地，为洪福汗国军、政中心。清军收复南疆后，于光绪二十四年在原址重建徕宁城。至清末汉回两城共有居民22487人，在南疆仅次于叶尔羌。
目前徕宁城墙保存较好；回城城墙拆除较早，但城内仍保留察合台汗国至清末的街道布局。
【战例】张格尔攻喀什噶尔
乾隆二十四年，在清军追捕下，大小和卓逃至巴达克山，被巴达克山首领素勒坦沙擒杀。小和卓霍集占无子，而大和卓波罗尼都有四子，其中阿斯玛、巴哈敦、阿不都哈里被押解北京，幼子萨木萨克被其奶妈带到了安集延。后萨木萨克又生三子，分别是玉素甫、张格尔和巴布顶。这些和卓后裔长期居留于浩罕国，由于他们对回疆白山派信众拥有极强的号召力，因此被浩罕挟制用以干涉回疆局势以获取在喀什噶尔地区的贸易特权。
回疆的两大伊斯兰教派黑山派和白山派各有数量庞大的信众基础，相互争斗数百年不休。清军平定大小和卓时，黑山派宗教和地方头领积极为清军指路、提供后勤，以剿灭白山派大小和卓的势力。大小和卓败亡后，这些黑山派领袖成为南疆各回城的阿奇木伯克，协助清廷管理地方。但大小和卓在白山信众之中仍有极强的号召力，可谓一呼百应，这也成为南疆百年内多次变乱的根源。
浩罕国对这些和卓后裔的待遇并不好，“看待甚薄”，且采取了严密的监视。道光四年六月，张格尔和他的弟弟巴布顶化妆成女人，偷偷从浩罕的控制下逃出，来到了浩罕南边的布鲁特（吉尔吉斯）部落。起初，张格尔想要投降清廷，派人与喀什噶尔参赞大臣展开谈判。但在周围人鼓动下，谈判最终破裂，张格尔于道光六年六月十四日夜间率五百多布鲁特人、安集延人，从伊斯里克卡伦与图舒克塔什卡伦之间潜入卡内。
张格尔进入卡内后，径直前往布格拉汗麻扎（喀喇汗王朝布格拉汗的陵园）礼拜，并分派手下到各处回庄号召，于是立刻引来了众多的追随者，“回子附从甚多”。伊犁将军庆祥（因处置张格尔事务暂驻喀什噶尔）派领队大臣雅尔哈善、帮办大臣乌凌阿率千余人于十五日黎明时分赶至麻扎，张格尔也汇集了一千余人，“擂鼓放枪，出庄迎拒”。
清军于是立即向麻扎发起进攻。然而此麻扎“周围五里，墙垣三层，甚为峻固”，清军屡攻不下，主将雅尔哈善负伤。庆祥又调遣驻扎在图舒克塔什卡伦的穆克登布带兵支援。而就在此时，形势急转直下，在清军围攻的同时，从麻扎的四面八方，不断有各个回庄的白山派信众赶来，攻打清军，企图解救被围困在麻扎内的张格尔，“喀什噶尔回子全行变乱，道路梗塞”。清军顿时陷入了腹背受敌的状态。
六月十六日早上与上午，支援张格尔的信众分别从四面向清军进攻，均被清军击回，双方互有伤亡。到了未申交汇时分，麻扎守军开始突围，但被清军赶回。至夜，天气骤变，而围在麻扎外的人越来越多。三更时分，“雷雨交加、天气昏黑”，加上麻扎内外“草深树密，高堰低渠”，“对面不能见人”。这时围在麻扎外的回人，大约有六七百人，分为两翼，开始对清军发动进攻。
清军枪炮齐发，分兵抵御，“歼毙多人”，但回人却“屡退屡扑”，愈发狂热。见到麻扎外围打成一团，麻扎内也开始从东门内杀出突围，清军不得不两面迎战。经过一番混战，清军终于击散了外围的回众，而冲出来的敌人也再次大半被逼回麻扎之内。到了十七日，清军才终于攻破麻扎，然而张格尔已在昨夜三更时分带着两队鸟枪兵趁乱突围。
此时的喀什噶尔一带的局势已经彻底失控。首先是喀什噶尔东南一带的河色尔布依、罕南力克等回庄的白山派信众纷纷响应张格尔。紧接着其他各处也开始响应。十八、十九日，喀什噶尔各地的牛场、羊场被抢。清军各处台站也被捣毁，张格尔已经带人向喀什噶尔城靠近，意图夺取城池。二十日，布鲁特人也开始在玛拉尔巴什一带抢劫过往商旅的货物车辆；二十一日，罕南力克一股约八九百人的武装，将库森塔斯浑河一带大桥拆毁，在库森塔斯浑河与叶尔羌清军交战；二十二日，叶尔羌参将吴亨带领清军二百五十名，在单板桥被围歼，回众向英吉沙尔城下逼近。穆克登布与乌凌阿则在四处平乱，兵力完全是捉襟见肘。
同日，张格尔开始围攻喀什噶尔城。庆祥令乌凌阿带两营兵马，过浑河迎战，令穆克登布带剩下的一营兵马，于七里河防守。双方遭遇后，交战竟日，“贼至益众”。打到天色将晚，绿营兵首先被击溃，“枪炮器械，被贼劫去”，清军全线崩溃，主将乌凌阿、穆克登布同时阵亡，部分残兵撤回城中固守。
六月二十六日起，阿克苏与西四城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗）方面的联络已经完全中断。此时，张格尔分兵围攻四城，清军从喀什噶尔到和阗的各个台站、卡伦全部失守。而喀什噶尔城内“粮饷无多，柴、水拾取于外，且土城单薄，人数寥寥”。
七月十五日，张格尔军千余人攻占和阗回城，十六日，与回城新归附的回众共两千余人攻打汉城，城内清兵、民人只有二百有余，极力抵御。七月二十日城破，官兵平民尽皆战死，领队大臣奕湄、帮办大臣桂斌投水自尽。在这期间，英吉沙尔和叶儿羌也相继被张格尔军攻破，喀什噶尔成为孤城。
喀什噶尔有回、汉两城，地势相依。回城由吐鲁番郡王迈玛萨依特与库车贝子迈哈默特鄂对率领黑山派回兵守卫。汉城则由庆祥与阿奇木伯克玉努斯率满、汉、锡伯、索伦、蒙古兵防守。回城城内房屋众多，街道狭窄，难以驻兵，且城墙低矮，不利守御。汉城专为驻军建造，城墙高大，易守难攻。张格尔决定先攻回城。
于是张格尔派部分人马继续围住喀什噶尔汉城，并率主力人马于七月十八日攻打回城。经过四天四夜的连续进攻，最终于七月二十二日用火药炸开城门，张格尔军在城内白山派回众的接应下攻入回城。吐鲁番郡王迈玛萨依特在城破后被白山派回众用乱棍打死。
正当张格尔准备进攻汉城时，浩罕伯克迈买底里汗率三千军队进至喀什噶尔城下。张格尔曾在战局胶着时向浩罕伯克许诺，以割让喀什噶尔为代价换取浩罕军协助攻打南疆西四城。目前战局对张格尔颇为有利，喀什噶尔已唾手可得，浩罕不希望城内财富被张格尔占据，因此赶忙派兵前来捡人头。
张格尔于是罢兵休战，让迈买底里单独攻打喀什噶尔汉城。然而汉城防御十分坚固，浩罕军想尽了各种办法攻城，结果伤亡惨重。按《伊米德史》记载，迈买底里的军队“在汉城的城墙下埋上了炸药，时机一到，火药爆炸，一时天昏地暗，日月无光，城墙被抛入空中。艾里汗（即迈买底里）的军队趁硝烟漫天、敌人神志尚未清醒之际，像潮水似地向城边涌去。双方军队杀在了一起，号角齐鸣，喊杀声震天。穆斯林军被三次赶下城墙。到了第四天，因尸体和伤员堵住了通往城墙的道路，穆斯林们不得接近城边，穆罕默德·艾里汗看到如此惨败，痛哭流涕，把士兵们的尸体全部埋在阿帕克和卓麻扎旁边之后，无可奈何地引兵退回了浩罕。”
当张格尔发现迈买底里率部返回后，立即带兵对迈买底里的军队围追堵截，最终迫使数千浩罕士兵降于张格尔，张格尔将这些降兵编为自己的亲兵。
浩罕军退回后，张格尔继续攻城，但仍久攻不下。于是张格尔决定使用水攻。当下征调大批人力，将汉、回两城之间克孜勒河进行堵坝截流，抬高水位，计划淹没汉城。汉城守军发现这一情况后，一名湖南籍清兵黄定湘突出城外潜入水中，游到了克孜勒河下游的堤坝下，凿开孔洞，破坏了堤坝，使得张格尔的水攻计划失败。黄定湘最终力竭溺亡。
七月十三日，清宣宗终于接到来自南疆的军情急报，于是当即下旨任陕甘总督杨遇春为钦差大臣，就近在陕甘两省的满汉官兵中，挑选得力精锐、曾历行阵人员，火速前往南疆支援。令陕西巡抚鄂山代理杨遇春的陕甘总督之职，全力做好后勤保障。清宣宗令杨遇春稳扎稳打，“总期慎重，不可轻率”“诸事务当计出万全，朕亦不为遥制”。又令新任伊犁将军长龄从伊犁调派精兵南下支援。同时命南疆各城“严密查察，妥为防守”，务必守住阿克苏，阻止张格尔进一步东进。
由于局势持续恶化，清宣宗决定从全国调兵。七月十四日，他令原本要去台湾任职的山东巡抚武隆阿，暂缓前往台湾，转去南疆指挥作战。七月十九日，转调计划赶往哈密驻守的甘州提督齐慎部共三千人于杨遇春处，全部用于南疆平叛。七月二十一日，命宁夏将军格布舍，挑派精锐满洲营官兵五百名、凉州庄浪满洲营官兵五百名、宁夏镇属官兵一千名前往哈密驻扎；吉林将军富俊、黑龙江将军禄成各挑备精兵一千名，吉林索伦骑兵两千名，前往杨遇春处报到。七月二十五日，命新上任的陕西巡抚卢坤前往甘肃，会同代理陕甘总督的鄂山，共同办理后勤军需。七月二十六日，命武隆阿于京师火器营、健锐营各挑选一百名精兵，并带领章京数名，随往回疆军营。
但此时喀什噶尔已无力坚守。八月二十五日，张格尔军通过挖掘地道打通城内，攻守双方展开激烈巷战。此时守城清军坚守城池七十余日，弹尽粮绝，面对人数绝对优势的张格尔，仅靠肉搏根本无力抗衡。在巷战中，庆祥亲自带兵作战，眼见大势已去，只得返回官署，于官署中悬梁自尽。剩余六七百名士兵和平民被张格尔军俘获。张格尔下令剪去其中三百余人的发辫，押入牢中，剩余人员全部杀死。又从被俘清军中挑选两名士兵，让这两人观看被拆毁后的汉城以及英吉沙尔、叶尔羌、和阗等地被毁的衙署、兵房和商民铺面。之后把他们放回阿克苏报信说：西四城已经全部被张格尔拿下，满汉官民也全被杀光，城垣衙署也被悉数拆毁，“叫阿克苏官兵不必来喀什噶尔四城，来亦无益。”
清宣宗接到奏报后“曷胜愤恨”，于是命令驻守阿克苏的主将长清，细为筹备，考虑周全，准备进剿；一旦大兵云集，绝对不能放跑张格尔。同时广泛宣传，张贴告示，向西四城回众和布鲁特散发，如能擒获张格尔，必有重赏。
道光七年正月，从全国各地集结至阿克苏的各路大军共三万六千人准备妥当，开始向西进剿张格尔。二月二十三日，清军与张格尔军主力在洋阿尔巴特遭遇。张格尔军人数占优，但战斗力远逊清军，当日即被击溃。此后清军又在沙布都尔、阿瓦巴特等处连续击败张格尔军。二月二十九日，清军在博罗和硕河击败张格尔军后，进至喀什噶尔回城城下。主将长龄令杨芳、余步云、成玉、哈朗阿、额尔古伦等众将率兵四面攻城，令容照、桂轮、恩绪、杨国佐等众将领在外围防堵。张格尔的外甥托哩和卓和安集延人推立汗据守回城。
开战后，清军首先攻入了位于城外的阿奇木衙门，紧接着向主城发起进攻，至夜，清军从东门攻入，长龄令两千步兵入城清剿，骑兵依然在外围防堵，守将托哩和卓等人在巷战中被打死，推立汗等被擒。长龄一面下令安抚城内的黑山派回众，一面告知黑山派回众，如有能擒献张格尔的给予重赏。
此后清军继续进军，收复英吉沙尔、叶儿羌和和阗。张格尔潜入帕米尔高原，于布鲁特各部中周旋借兵，意图重新举事，但响应寥寥。十二月二十七日，张格尔又率五百余人潜入阿尔瑚，意图重新号召白山回众重新举事。周边回庄的村民闻讯，纷纷逃散，张格尔只得退走。清军侦知其行踪后，发兵追击，于喀尔铁盖山全歼其众，张格尔被清军俘获，押送北京，凌迟处死。
14.英吉沙尔
建置：乾隆三十一年至光绪九年。
英吉沙尔领队大臣驻地。位于今英吉沙县驻地英吉沙镇(汉城38.936°N, 76.168°E; 38.927°N, 76.169°E)，面积：汉城0.18平方公里，回城约0.15平方公里。
原有回城，清乾隆间于此设四品阿奇木伯克署理政事，另设总兵官管理边务，归喀什噶尔参赞大臣管辖。乾隆三十一年，改设总兵官为英吉沙尔领队大臣，受喀什噶尔办事大臣节制。四十一年于回城以北修筑汉城，置官署，旧城成为贸易集市。道光六年汉城为张格尔所毁，八年原址重建，定名“辑远城”，但未能普及。十一年设英吉沙尔巡检。光绪十年升直隶厅。目前汉城存东墙150米，回城破坏较早，今已无存。
15.叶尔羌
建置：乾隆二十四年至光绪九年。
叶尔羌办事大臣驻地。位于今莎车县驻地(汉城38.415°N, 77.243°E，回城38.414°N, 77.262°E)。面积：汉城0.43平方公里，回城2.1平方公里。境内有阿奇木伯克驻理城庄十座。
汉代为莎车国国都。1427年建回城，赛义德汗之后长期为察合台(叶尔羌)汗国都城，“商贾如鲫，百货交汇”，十分繁华，是当时南疆最大的城市。清初为准噶尔汗国攻占。
乾隆二十三年十月兆惠率四千清军包围小和卓霍集占1.5万人于叶尔羌，霍集占出击反围清军于黑水营，二十四年正月，富德率军与兆惠会和，后于六月重新进攻叶尔羌城，小和卓焚毁城池，胁迫城内居民西逃，清军遂占领叶尔羌，同年于旧城以西新筑汉城，名“莎车城”。道光十年张格尔之乱，办事大臣壁昌据守叶尔羌汉城，阿奇木伯克阿布都尔满坚守回城，战事极为激烈，攻守双方不断相互进攻，城市遭严重破坏。张格尔被平定后，清宣宗为叶儿羌汉城定名为“嘉艺城”，但最终未能普及开来。同治四年，阿古柏军与库车农民军争夺叶尔羌城，城池反复易手，最终叶尔羌被阿古柏占领后抢掠一空。
清军收复叶尔羌后，于光绪九年置莎车直隶州，二十八年升府。
叶尔羌城本为南疆第一大城市，由于屡遭战乱导致发展缓慢，至清末城内居民仍有22550人。但南疆政治、经济中心已经转移至交通更便捷的喀什噶尔，民国后叶尔羌降为县城。建国后于1958年后开始拆除城墙，目前新城存一段约50米的城墙，老城存南北各两段不到100 m的城墙。
16.和阗
建置：乾隆二十四年至光绪九年。
和阗办事大臣驻地。位于今和田市驻地(汉城37.112°N, 79.918°E; 回城37.112°N, 79.935°E)。汉城面积0.13平方公里，回城面积约0.2平方公里。境内有直辖的阿奇木伯克驻理城庄三座。
汉时为西域三十六国之一的于阗国，唐代置毗沙都督府，隶属安西都护府。明之前，在今址已有大型城镇，至乾隆间清军进驻天山南路后，于和阗旧城区之外新筑一城，是为汉城。汉城筑有城墙，面积1.27平方公里。二十四年设和阗办事大臣。道光八年，清宣宗将和阗城定名为“威靖城”，但未能实行。同治四年阿古柏攻破和阗并屠城，清军收复后于光绪八年置和阗直隶州，十六年重建汉城，和阗才缓慢恢复过来，至清末城内人口达到9140人。目前汉城城墙仍有部分残墙遗存，西北角保存较好。
关于回城是否筑有城墙仍有争议。何一民认为“清之前和阗筑有一城，但其城没有修筑城墙……(清末)回城没有城墙，以关厢形式存在。”但根据某些历史资料来看，此说恐不甚妥当。准噶尔统治南疆时期，诗人翟利力在长诗《旅行记》中以“有垛的城垣雄伟高大”形容和阗城。《编年史》在记录17世纪40年代和阗城主马合谋·忙苏尔伯克带兵出战时，也有和阗筑有城堡的记述。此外，清代学者徐松在《西域水道记》中写道：额里齐城“高丈九尺，周三里三分，门四，……”亦可佐证回城城墙的存在。刚好今日和田的老回城区域(约在古鲁巴格十字街以东)仍有4个与城门相关的地名(四个代尔瓦扎)。故本文认定回城存在城墙，绘图时以代尔瓦扎为基点，循老回城遗留至今的环形街道描画，其周长也恰好符合《西域水道记》的记载。
可以确定的是，回城城墙损毁极早，可能在清中后期，至晚在民国初年就已坍毁殆尽。
17.辟展
建置：乾隆二十六年至四十四年。
辟展办事大臣驻地。位于今鄯善县辟展镇(42.859°N, 90.208°E)，面积0.18平方公里。
清雍正五年始建：“傍崖为城，周里许，居民鳞接，商贾辐辏”。乾隆二十六年置辟展办事大臣，三十六年增设辟展巡检。四十四年裁办事大臣，改于吐鲁番置领队大臣。光绪二十八年于此置鄯善县。
